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肉桂双瓣卷蛾的线粒体和染色体基因组

发布时间:2024年05月07日 15:16  浏览次数:199

北京市农林科学院植物保护研究所害虫综合防治研究室完成了一卷蛾科害虫——肉桂双瓣卷蛾(Polylopha cassiicola)染色体水平基因组和线粒体基因组的组装和注释,研究结果于2024年4月23日在Nature Research旗下刊物Scientific Data上发表。

卷蛾科是鳞翅目最大的科之一,包括卷蛾亚科、小卷蛾亚科和澳卷蛾亚科等。卷蛾亚科和小卷蛾亚科两个亚科包括许多重要的经济害虫,如云杉色卷蛾、梨小食心虫和苹果蠹蛾等,且许多物种的基因组已被测定,而目前尚无澳卷蛾亚科物种的基因组数据。肉桂双瓣卷蛾是澳卷蛾亚科的代表性物种,是樟树和肉桂的重要害虫。研究人员利用Illumina、Nanopore和Hi-C测序技术,经过组装和矫正,得到包含22条染色体的完整基因组,大小为302.03 Mb,Contig N50为13.19 Mb,重复率为36.82%,BUCSO评估的基因组完整性为98.4%。基因组中鉴定出15412个蛋白质编码基因、1052个tRNA和67个rRNA。研究还确定了该物种的线粒体基因组,并注释了13个蛋白质编码基因、22个 tRNA和1个rRNA。研究成果对了解卷蛾科物种的染色体核型进化、害虫的生态适应和进化生物学具有重要意义,为防控肉桂双瓣卷蛾等害虫提供了数据基础。

北京市农林科学院植物保护研究所博士后杨方园为论文第一作者,魏书军研究员为论文通讯作者,曹利军、陈金翠、宋威、广西国有钦廉林场余玉珠参与了部分工作。该研究得到国家自然科学基金(32070464、32272543)和北京市农林科学院项目(JKZX202208)等资助。

图:肉桂双瓣卷蛾基因组Hi-C挂载(a)、线粒体基因组(b)、染色体共线性(c)


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