欢迎来北京市农林科学院植物保护研究所!

害虫综合治理研究室破译西花蓟马染色体水平基因组

发布时间:2024年06月11日 16:38  浏览次数:45

近日,我所害虫综合治理研究室破译了西花蓟马Frankliniella occidentalis染色体水平的基因组,论文发表于Nature Research旗下刊物Scientific Data。

西花蓟马是一种重要的入侵性害虫,不仅直接对蔬菜等作物造成危害,还传播多种植物病毒病。该项研究在已经发表的西花蓟马scaffold水平基因组的基础上(Rotenberg et.al.,2020),利用高通量染色体构象捕获技术 (Hi-C)对西花蓟马基因组进行组装,将西花蓟马基因组提升到染色体水平,得到西花蓟马基因组大小约302 Mb,被挂载到15条染色体上,BUSCO评估完整度为97.8%。结构注释共鉴定到16,312个蛋白编码基因,其中9,994个基因可在EggNOG数据库中注释到功能。此外,在基因组中注释到了492个非编码RNA片段和0.41%的重复序列。

2023年农业农村部将蔬菜蓟马 (西花蓟马,花蓟马,瓜蓟马和豆大蓟马)列为一类病虫害管理。目前,研究团队已经测定了全部4个一类蔬菜蓟马害虫染色体水平基因组(Guo et.al., 2020, Ma et.al., 2022, Song et.al., 2024),为该类害虫发生规律、成灾机理及防控技术研究奠定基础。

害虫综合治理研究室在站博士后宋威为论文第一作者,北京市农林科学院魏书军研究员为论文通讯作者,北京市农林科学院曹利军、陈金翠,内蒙古农业大学包文学副教授参与了该研究。相关工作得到了国家重点研发计划等项目的资助。

文章链接:https://www.nature.com/articles/s41597-024-03438-2 


图:西花蓟马基因组评估(A和Hi-C组装(B结果


Copyright © 2015 - 2021 北京市农林科学院植物保护研究所 京ICP备13038350号-7