害虫综合治理研究室破译西花蓟马染色体水平基因组

发布时间：2024年06月11日 16:38　　浏览次数：67

近日，我所害虫综合治理研究室破译了西花蓟马Frankliniella occidentalis染色体水平的基因组，论文发表于Nature Research旗下刊物Scientific Data。

西花蓟马是一种重要的入侵性害虫，不仅直接对蔬菜等作物造成危害，还传播多种植物病毒病。该项研究在已经发表的西花蓟马scaffold水平基因组的基础上(Rotenberg et.al.,2020)，利用高通量染色体构象捕获技术 (Hi-C)对西花蓟马基因组进行组装，将西花蓟马基因组提升到染色体水平，得到西花蓟马基因组大小约302 Mb，被挂载到15条染色体上，BUSCO评估完整度为97.8%。结构注释共鉴定到16,312个蛋白编码基因，其中9,994个基因可在EggNOG数据库中注释到功能。此外，在基因组中注释到了492个非编码RNA片段和0.41%的重复序列。

2023年农业农村部将蔬菜蓟马 (西花蓟马，花蓟马，瓜蓟马和豆大蓟马)列为一类病虫害管理。目前，研究团队已经测定了全部4个一类蔬菜蓟马害虫染色体水平基因组(Guo et.al., 2020, Ma et.al., 2022, Song et.al., 2024)，为该类害虫发生规律、成灾机理及防控技术研究奠定基础。

害虫综合治理研究室在站博士后宋威为论文第一作者，北京市农林科学院魏书军研究员为论文通讯作者，北京市农林科学院曹利军、陈金翠，内蒙古农业大学包文学副教授参与了该研究。相关工作得到了国家重点研发计划等项目的资助。

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41597-024-03438-2 

图：西花蓟马基因组评估（A）和Hi-C组装（B）结果